１：問診表への記入
クリニックは基本完全予約制のところがほとんどです。他の方と顔をあわせないよう、待合室などにも配慮しているクリニックもあります。来院したらまずは問診表へ必要事項を記入します。薄毛や植毛に関することだけではなく、体全体の状態や既往症についてなども確認します。
２：現在の頭皮の撮影
現在の髪の状態を事前に撮影します。
３：カウンセリング
専門スタッフによるカウンセリングです。クリニックについてや手術法について、症例などを確認することができます。特に手術法はクリニックによって異なるケースが多いため事前に確認すべきポイントです。メスを使用するＦＵＴ法かメス不要のＦＵＥ法か、またクリニックによっては独自の治療技術を持っていることもあります。（アイランドタワークリニックのi-direct法や親和クリニックのMIRI法など）また執刀医についても事前に確認できるようなら聞いてみることをお勧めします。
４：診察
医師の診察です。髪の毛や頭皮の状況、手術を行うにあたっての体調の状況など詳しく診察していきます。診察の内容はクリニックによってかなり異なります。診察が数分で終わってしまうところもあれば、1時間程度かけてじっくり疑問に答えるドクターもおり、クリニックの運営方針によって様々です。
５：手術内容の確認
診察後、現在の頭皮の状況と希望のヘアスタイルなどを確認し自毛植毛手術の方針を決めていきます。この段階でドナー株がどのくらい必要か明確になり、最終的にかかるコストが判明します。
６：血液検査
自毛植毛手術の際に麻酔を使用するため、事前に麻酔にアレルギーがないか、また感染症などにかかっていないかを血液検査で判断します。
７：手術日当日
手術前に、担当ドクターと最終的なデザインやグラフト数の確認をします。
８：手術（麻酔）
麻酔後、手術を行います。
後頭部からドナー株を採取し、目的の頭皮へと移植手術を行います。
９：手術（グラフト採取）
後頭部の移植元部分からグラフト単位で採取を行います。（ＦＵＴ法の場合は帯状に移植元の皮膚を切り取ります）このグラフト採取がうまくいかないと、移植後皮膚に定着せずに思ったほどの毛量にならないことがあります。移植後にしっかり髪を定着させるためにはスピーディ且つ丁寧にグラフトを採取する必要があります。
１０：手術（移植ホール作成）
移植する皮膚にグラフトを植えるため穴を作ります。傷跡が目立たぬように小さ目に作成するのがポイントです。
１１：手術（グラフト移植）
毛の流れなども考慮して移植先にグラフトを植え込みます。
１２：術後の処置
ドナー株を移植した部分をガーゼで保護し包帯でしっかりと固定します。
術後の帰りの際はニット帽など、包帯が見えない帽子を用意しているクリニックもあります。ガーゼと包帯は、術後の翌日の入浴時から外すことができます。
１３：抜糸
抜糸は、自毛植毛手術の約2週間後です。
自毛植毛手術は移植するグラフト数にもよりますがおよそ3時間～6時間程度です。長時間の場合は途中で休憩を挟んで行います。休憩では食事をしたりすることもできます。
自毛植毛の手術においてはいずれの工程もスピード勝負と言って過言ではありません。つまり医師の技術力や医療チームの連携が大変重要になるため実績豊富なクリニックでの手術がお勧めです。